医疗机构是药品集中招标采购的主体。经办机构应根据医疗机构提出的集中招标采购药品的品种、规格、数量、质量和服务等，组织招标活动。

有关部门要积极推动药品集中招标采购工作，建立药品集中招标采购的工作制度，加强对医疗机构药品集中招标采购的管理和监督，保证该项工作规范、健康、有序地进行。有关部门不能包办代替和直接参与具体招标采购业务，不能为医疗机构指定经办机构和药品配送机构，不能以任何借口、任何方式从中牟利。经办机构不得和政府行政部门存在任何隶属关系和利益关系。试点阶段曾指定药品集中招标采购经办机构和配送机构的，要尽快纠正。

县及县以上人民政府举办的非营利性医疗机构必须开展药品集中招标采购。考虑到采购规模、企业负担和目前大多数医疗机构尚不具备独立编制招标文件和评标能力等因素，原则上要求医疗机构联合或委托中介机构开展药品集中招标采购工作。医疗机构自行组织药品招标采购，必须经过地级以上卫生行政部门对其独立编制招标文件和评标能力的资格认定。县级所属医疗机构参加省或地组织的药品集中招标采购活动。

医疗机构联合进行的药品集中招标采购，要从省或地级政府有关部门确定的药品集中招标采购专家库中，按照采购药品的特点和工作要求，随机抽调专家，组成评标委员会。省或地级城市在组织药品集中招标采购时，要充分考虑不同医疗机构的用药特点。同一类别药品同一医疗机构一年内招标次数不能超过两次。