当前，我国湖泊（含水库，下同）生态环境总体形势严峻。一是部分湖泊生态功能严重退化。江湖阻断以及围垦、围网、围堤、乱修乱建等过度的人为活动导致湖泊生境破碎和生物栖息地减少，破坏湖泊生态系统平衡，湖泊生物多样性受到严重损害，生态功能严重退化。二是部分湖泊存在富营养化问题。根据《2012年中国环境状况公报》，60个国控重点湖泊营养状态监测表明，4个为中度富营养状态，11个为轻度富营养状态。

自“九五”以来，国家对污染严重的太湖、巢湖、滇池（以下简称“三湖”）开展了大规模的治理工作，初步遏制了“三湖”水质恶化的趋势。

为保护湖泊生态环境，避免众多湖泊再走“先污染、后治理”的老路，经国务院同意，自2011年开始，财政部和环境保护部支持水面面积在50平方公里（km2）及以上、具有饮用水水源功能或重要生态功能、现状水质或目标水质好于Ⅲ类（含Ⅲ类）的湖泊开展生态环境保护工作。截至2013年底，中央财政累计投入40亿元，分3批支持抚仙湖、千岛湖、洱海等54个湖泊开展生态环境保护工作，带动地方及社会投入约65亿元。经过治理，这些湖泊水质稳中改善，生态环境逐步恢复。