贯彻落实国务院关于农业转基因生物安全管理的决策和部署；研究农业转基因生物安全管理工作的重大政策，提出有关政策建议；修订和完善《农业转基因生物安全管理条例》及配套规章；研究协调部门间联合执法与行政监管等重大事项；研究协调农业转基因生物安全管理能力建设事项；研究协调应对农业转基因生物安全重大突发事件；制定、调整农业转基因生物标识目录；完成国务院交办的其他事项。

召集人：农业部部长孙政才。成员：发展改革委副主任杜鹰，教育部副部长赵沁平，科技部副部长刘燕华，财政部副部长廖晓军，农业部副部长危朝安，商务部副部长易小准，卫生部副部长陈啸宏，工商总局副局长刘凡，质检总局副局长魏传忠，环保总局副局长吴晓青，林业局副局长李育材。

联席会议成员因工作变动需要调整的，由所在单位提出，联席会议确定。

联席会议办公室设在农业部，承担日常工作。联席会议设联络员，由联席会议成员单位有关司局负责同志担任。

联席会议原则上每年举行一次，根据工作需要可临时召开全体会议或部分成员会议。会议由召集人或召集人委托的同志主持。各成员单位提出的议题，提前报联席会议办公室。联席会议以会议纪要形式明确议定事项，经与会单位同意后印发有关方面，同时抄报国务院。