土地评估机构脱钩改制的指导思想是：按照社会主义市场经济发展的客观要求，大力促进土地评估机构的改革与重组，积极推进中介服务机构与主管部门的脱钩，使土地评估中介机构成为参与市场竞争，独立核算，自负盈亏，自我发展，自我约束，享有民事权利，独立承担民事责任的法人实体；使土地评估事业单位真正成为承担政府公益性、职能性评估任务和技术协调工作，不再承揽中介业务的机构。

根据土地评估工作的特点，土地评估机构改革的具体目标是：将现有土地评估机构改制为两类不同性质的机构。一类是按《公司法》或《合伙企业法》等有关规定改制成由土地估价师或其他专业人员出资设立的合伙制企业或有限责任公司性质的土地评估中介服务机构。这类机构必须按要求与政府主管部门脱钩，脱钩后其从业范围界定为市场中介性的土地评估，主要涉及出让土地使用权的转让、出租、抵押等地价评估；亦可在特定条件下受政府委托从事公益性、职能性、社会服务性的土地评估；具有A级资质的土地评估中介机构还可承担企业改制及上市公司涉及的土地评估。另一类是按《事业单位登记管理暂行条例》进行登记，保留事业单位性质的土地评估机构，专职承担政府职能性、公益性、社会服务性的土地评估，主要涉及落实政府职能所需的评估，如基准地价、标定地价、出让底价的评估等，这类机构及下设的附属评估机构将不再承担土地评估的中介业务。