调查局（全国打击走私综合治理办公室）主要负责研究提出反走私社会综合治理方针、政策、措施；研究提出在调查稽查过程中查处走私和违规案件的操作办法并组织实施；研究提出海关稽查、贸易调查、市场调查、风险管理规章制度并组织实施，研究提出管理报关单位、报关员的规章制度并组织实施；研究提出全国海关调查稽查装备使用管理规章制度并组织实施，监督实施调查稽查设备年度采购和分配计划；组织开展与调查稽查业务相关的国际（地区）间合作。

缉私局主要负责研究提出打击走私违法犯罪活动的方针、政策并组织实施，组织汇总打击走私违法犯罪活动的形势分析；研究提出侦办走私罪案件的规章制度并组织实施；研究提出查处走私和违规案件的规章制度并组织实施；研究提出打击海上走私的规章制度并组织实施；研究提出缉私情报工作规章制度并组织实施；研究提出海关缉私警察队伍管理、装备管理等有关规章制度并组织实施；组织开展打击走私违法犯罪的国际（地区）间合作。