（一）国家重大科技项目，由主持项目的部门或省、自治区、直辖市会同国家教委、中国科学院和有关部门向全国招标，保证所有投标单位的同等权利，保证项目指标达到国家计划要求。凡列入“七五”计划的国家重大科技项目，原则上都应当实行招标，主持项目的部门或省、自治区、直辖市应当积极进行试点，取得经验迅速推广。

（二）国家重大科技项目普遍实行合同制。用于这些项目的科技三项费用或其他财政拨款，应当根据项目的预测经济效益和偿还能力，分别实行有偿或无偿使用。凡经济效益好、具备偿还能力的项目，应当在合同中规定全部或部分偿还投资。承担单位是企业的，应当在缴纳所得税前，用该项目投产后的新增利润归还；是科研单位的，用该项目实现的收入归还。凡没有偿还能力的项目，可在合同中规定免还。在执行过程中，出现不可抗拒的因素而丧失偿还能力的，经主持项目的部门和开户银行审核批准，并报财政部、国家计委和有关部门备案，可以减免。

（三）国家重大科技项目的经费，由主持项目的部门或省、自治区、直辖市委托银行监督使用，并负责按照合同规定回收应该偿还的资金。回收的资金，一半上交中央财政，一半留在主持项目的部门或省、自治区、直辖市，继续用于国家的重大科技项目，并将项目报国家计委和有关部门备案，财政部门不予冲抵按计划应拨的经费。

国务院各部门科研事业费的年度计划，由各部门报国家科委审核后下达，抄送财政部备案。

国家科委应当向财政部报送科研事业费的年度预、决算和资金使用情况。